Организационная структура предприятия состоит из 10 служб, отделов и групп.
Согласно закону "О морских портах Украины", предприятие создано с целью осуществления хозяйственной деятельности портового оператора на территории Николаевского морского порта, для чего предприятие наделено необходимыми средствами государственной собственности.
Управление Южного офиса Госаудитслужбы в Николаевской области провело государственный аудит деятельности государственного предприятия Николаевский морской торговый порт за период с 1 марта 2018 года по 29 февраля 2020 года.